コメントありがとうございます！
以下の確認をしてみました。
１・トップのテキストを変更して更新
結果：ローカルフォルダは更新になっていますが、サイトは更新されず。どのブラウザを使用しても結果は同じでキャッシュをクリアしても同じ。
２・ローカルフォルダとリモートフォルダを確認
結果：ローカルフォルダは更新になっていますが、リモートフォルダを確認してみると、ローカルフォルダとは違う位置（１つ上の階層）に更新したファイルがあり、ローカルフォルダと同じ位置の本 来のファイルは更新されていません。
【ローカルフォルダ】ですが
サイトフォルダ → サイト名（ひらがな）のフォルダ → サイトのデータ（Indexなど）
の位置にありますが、
【リモートフォルダ】には
／→（ここに先ほど更新したindexが入ってしまってる）→アカウント名.jpのフォルダ→本来のサイトデータの位置
となっております。
アカウント名.jpの下の位置が正しい位置なのですが・・おそらく何か設定の記載が足りないのだと思われるのですがどのようにしたらよろしいでしょうか(´;ω;｀)
以前のCS4の時の設定のまま、同じように入れたのですがなぜこのようになってしまっているのか・・(´;ω;｀)