さん、アドビ製品ならびにフォーラムのご利用ありがとうございます。
エラーメッセージなどもなく一見正常終了しているのに、リモート上のファイルが中途半端だということでよろしいでしょうか。
また、そういった現象が起こるファイルは一部でしょうか。それともファイルに関わりなく起こりますでしょうか。
可能でしたら、Dreamweaverでチェックアウト／チェックイン機能を外し、通常のFTPで同様の症状が起こるか
ご確認いただければと思います。
DreamweaverのFTP機能が不具合を起こしているのであれば
以下の対処（特に手順J、解消しなければ再インストール）が有効ですのでお試しください。