yamatonekoさん おはようございます。
教えていただいた通りに、設定ファイルを削除してから
再インストールをしたところ、ソースフォーマットの動作が直りました！
アンインストール後、設定ファイルを見てみたところ、
CS3、CS5の過去のフォルダが丸々残っていました。
すべて削除したのちに、再インストールしてみたところ、
ソースフォーマットがきちんと動作しました。
インデントがビシッと揃うだけで、こんなに気持ちがいいとは。
とても爽快な朝になりました。
しかし、よく見るとOSのバージョンは書いていないわ
タグの表記は間違っているわ、お恥ずかしい限りです。
ちなみに、OSはwindows7 pro 64bit でしたので、
フォルダ階層もそのまま参考になりました！
ひどい質問にもかかわらず回答をいただき、本当に助かりました。
勉強になりました。
ありがとうございました！