ご返信ありがとうございます。
頂いたキャプチャにあるドキュメントツールバーですが、
作業時はタブで切り替えずにコードのウィンドウを並べて作業しているため、
左側においてあるHTMLの画面の方には仰るとおりのドキュメントツールバーが付いているのですが
今回作業時に起きた「保存ができなくなる→上書き保存をすると中身が書き換わる」のは
右側に並べていたCSSの方になります。CSSのウィンドウにはドキュメントツールバーがないのですが、
CSSの編集中（ウィンドウもCSSの方を選択している状態）で切り替わりがおこるものなのでしょうか？
CSSの編集中にショートカットでの保存が効かなくなるのも「ドキュメントツールバーによる切り替わりによるもの」
が原因の可能性がありますか？
添付の画像の様に、左側のウィンドウ内のソースコードはHTMLでしたし、右側のウィンドウは切り替えようもなく
CSSの状態でした。
