回答ありがとうございます。
そして、失礼しました。
<body>
<div>
<table>
<tr>
<th>aaa</th>
<th>bbb</th>
</tr>
</table>
</div>
<body>
<table>の閉じタグが抜けてましたね。お恥ずかしい。
閉じタグがなくなってしまうわけではないです。
期待する結果としては、例えば
<body>
<div>
<ul>
<li>sample1</li>
<li>sample2</li>
</ul>
</div>
</body>
となってほしいところが、
<body>
<div>
<ul>
<li>sample1</li>
<li>sample2</li>
</ul>
</div>
</body>
のように、閉じタグがインデントされない。
ということです。
今のところ、新規ファイルを作成しても、過去にソースフォーマットが効いていたものも
改めてフォーマットすると全てのファイルでその様になってしまいます。
手動ではインデントはできます。
過去のバージョンでできていただけに、どうしたものかと思いまして。
もし設定上の問題などがありそうでしたら、ぜひご教示ください。
よろしくお願いします。