すみません、Dreamweaver CC 2014です。
また、階層は以下のような感じです。
index.html
┗/a/index.html
┗/b/index.html
┗/Templates/index.dwt
Templateには以下のように記述しています。
<!doctype html>
<html>
<head>
<meta charset="utf-8">
<!-- TemplateBeginEditable name="doctitle" -->
<title>無題ドキュメント</title>
<!-- TemplateEndEditable -->
<!-- TemplateBeginEditable name="head" -->
<!-- TemplateEndEditable -->
</head>
<body>
<header>
<a href="../">TOPページへリンク</a>
</header>
<!-- TemplateBeginEditable name="contents" -->contents<!-- TemplateEndEditable -->
</body>
</html>
下層ページはtemplateを更新すると、下記のようになり、ルートにリンクされます。
/a/index.html <a href="../">TOPページへリンク</a>
/a/b/index.html <a href="../../">TOPページへリンク</a>
index.htmlは下記のようなパスにしたいのですが、
index.html <a href="./">TOPページへリンク</a>
実際はtemplateを更新しても/a/index.htmlと同じリンクの記述になってしまいます。