harmoniamundi様
レスありがとうございます。
午前中に色々やった末にやっと解決しましたので、解決までに試した方法、解決方法をまとめさせて頂きます。
制作環境：通常のコーディング時にDWでライブラリを作り、そのひな形を基にライブラリタグなどを触らずに他のテキストエディタでコーディングをしていました。
症状：「<!-- #BeginLibraryItem "/Library/00.lbi" -->」〜「<!-- #EndLibraryItem -->」のライブラリのタグがコード上に存在しているが、ライブラリとして機能していない。
※1ページ内に「ヘッダー」「フッター」などのいくつかのライブラリ項目があり「ヘッダー」が機能するが「フッター」は機能しない。
※コード側はライブラリ部分が黄色のハイライトされるがデザイン側はハイライトされていない。
試したこと1：機能しない部分のライブラリ項目をhtmlから一旦削除し、改めてアセットから入れなおす→入れた直した直後（DW上でhtmlを閉じるまで）は機能するが開き直すと×
試したこと2：同じライブラリ項目「フッター」を使っているのに何故か動いている唯一のhtmlからコードをコピペして貼り付ける→症状変わらず×
解決した方法：ライブラリ内の閉じタグだけの部分を抜きました。（全体を囲むwrapperのとじタグ</div>）
構造がこんな感じになってました。
<div id="wrapper">
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ライブラリ「ヘッダー」
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コンテンツ
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ライブラリ「フッター」
</div>
--------------------------
これを下記に変更
<div id="wrapper">
--------------------------
ライブラリ「ヘッダー」
--------------------------
コンテンツ
--------------------------
ライブラリ「フッター」
--------------------------
</div>
気づくと簡単なことなのですが、ライブラリはライブラリ内でタグが完結しないとエラー出るのですね。
お騒がせを致しました。