Dreamweaverの定義するローカルサイトは、リモートサイトの公開ディレクトリと同じフォルダ構造をローカル上に作成し、同じ階層構造を維持したままローカル上で作業するイメージです 。よって、特定の階層にあるファイルを取得することが目的のFTPソフトとは少し概念が異なります。
あいにくDreamweaverにはファイル単位でブックマークすることができないのですが、リモートにあるファイルをすべて取得するのではなく、必要なファイル(関連ファイル)だけをリモー トから取得して、作業完了後にアップロード、今後作業しない場合はローカルに取得した不要なファイルは削除してしまうというやり方でもよろしいかと思います。
例えば、リモートのルート階層にある index.html をDreamweaverでGET(ダウンロード)した場合、関連ファイルを取得するかどうか確認するダイアログが表示されますので、そこで 「はい」を選ぶとindex.htmlからリンクされたファイル達は自動的にローカルに取得されます。
作業する場合はDreamweaverでローカルにあるファイルを開き、作業が終わればそのファイルをローカルからPUT(アップロード)するだけで階層構造を維持したまま同じリモートの公開 ディレクトリの場所にアップロードされます。FTPソフトでアップロードする場合は、同じ階層のファイルかどうか注意して行う必要がありますが、Dreamweaverでは単純にファイル選択 して「PUT」ボタンを押すだけです。これだけでもDreamweaverのメリットを実感頂けると思います。
なお、ローカルの特定の階層からリモート側の同じ階層を開く場合は、Dreamweaverの「サイト」パネル上でコンテキストメニュー(Ctrl+クリック)内にある「リモートサーバーで表 示」を使うと便利です。