もう解決、諦めておられるかもしれませんが、
● cssを適用したいファイルと同じ階層に「_notes」のフォルダを作成。
● その中に適用したいhtmlのファイル名をつけた「.mno」ファイルを作成。
例）適用したいファイルが「index.html」の場合は「index.html.mno」
● 「index.html.mno」のソースは、
<?xml version="1.0" encoding="utf-8" ?>
<info>
<infoitem key="MM_css_include" value="style.css" />
<infoitem key="MM_css_exclude" value="" />
</info>
で、適用されると思います。
お試し下さい。
※index.htmlとstyle.cssが同じ階層にある場合の記述例です。
※私の環境はwindowsです。