こんばんわ
これは恐らくコードインスペクターの表示オプションで設定可能な項目が、再起動すると保持されていないというお話ですよね？
こちら、
-Macbook Late2008 10.9.1
-MacbookPro Late2012 10.8.5
-Dreamweaver CC／CS6
>の環境で確認しましたが、アプリの再起動を行っても正常に設定は反映されています。
何か特定の条件で発生する問題のような気もします。
USのフォーラムで類似のトピックがありました、
http://forums.adobe.com/message/4694437#4694437
http://forums.adobe.com/message/4800016#4800016
この中に、以下手順で解決？された方がいらっしゃいましたので、参考までに置いておきます
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1.最適なワークスペースを設定する（コードインスペクタの設定を含む）
2.ウィンドウ＞ワークスペースのレイアウト＞新規ワークスペース＞名前をつけて保存
3.コンピュータを再起動
4.アプリを起動
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