おそらく不具合ですね。私も同現象です。
一括置換の際に、開いているファイルは対象としてくれないようです。（nmatsuo5さんご指摘の「除外」はOFFです）
面倒ですが、
１．複数ある対象ファイルの一つのみを開き他を全て閉じた状態で一括置換。
その後置換済みファイルを開き（先のファイルを閉じて）一括置換。
２．置換対象のワードが無いと確信出来るファイルのみ開いて一括置換。
３．諦めて暫定的に他の置換ソフトを使う。
私は信用できないので、３の他のマルチファイル置換機能を使います。
複数ファイルの記述を一括で置換する方法（Mac） | ヘテムルブログ
ご紹介まで。