こちらこそ気にかけていただき、ありがとうございました。
いろいろ情報を探しているなか下記の記事にたどり着き、今回の原因判明へといたりました。
FontBookを見たところ、モリサワのフォントはコンピュータにインストールされているので
別アカウントでも状況が変わらなかったようです。
ただ、他部署でEl Capitanをクリーンインストール後にモリサワをインストール、
CC2015を入れたものはAcrobat Proについては問題なく動いているそうです。
（Dreamweaverについてはその部署にライセンスがないようで不明ですが）
今のところ使用フォントを少し増やしてもDWは動いていますので様子をみていき、
時間がある時にOSのクリーンインストールを試してみようと思っております。