それでは、プルダウンメニューの動かない、トップページのコード部分をフォーラムに貼り付けてみて下さい。内容を確認してみたいと思います。
ひとまず一般的な対処方としまして、プルダウンメニューが外部のJavaScriptファイルで制御されている場合は、
<script src="filename.js">
のような記述が各ファイル内に記載されている思いますが、その部分が動作する他のファイルと異なっているかどうかを確認する事で原因が分かるのではないかと思います。
テンプレート作成の際、ファイルパスの情報を手入力で書いてしまうと、Dreamweaverがパスの情報を正しく認識できていない場合があります。
手入力した場合は、再度ファイル選択ダイアログからjsファイルを選択しなおしてみて下さい。