TOPページ等が無事変更できているのでしたら、Dreamweaverでの対処方は特にないように思います。
Flashの問題については、Flashのフォーラムで質問頂いた方がより的確なアドバイスを頂ける気もしますが、
ブラウザのキャッシュということはないでしょうか。
別のブラウザで確認してみたり、別のマシンで確認してみると更新されたりしないでしょうか。
その他、もし読み込まれる画像のファイル名に日本語や記号をご利用の場合、サーバで文字化けして
読み込めなくなっている可能性も考えられます。必ず半角英数字のみを使うようにして下さい。
思い当たる原因は今のところこれくらいです。お役に立てれば幸いです。