EMERSONNさん、コメントありがとうございます。
Files and folders remain on the SVN server until you've manually deleted them. So even if you move a file to a different local folder and commit it, the old version of the file remains in the previous location on the server. To avoid confusion, delete the old copies of files and folders that you've moved.
と記載がありますが、サーバー側のリポジトリは削除して、新たなリポジトリを作成し接続しているにも関わらず、エラーメッセージは、古いリポジトリを参照しているのです。
念のため、Dreamweaverのサイト設定も新たに作成し、接続しましたが、同じ結果でした。
具体的には、Site A -> SVN1 の接続で、リポジトリが無い旨、エラーが帰ってくるので、Site Aの設定をSite Bとして作り直し、サーバー上のSVN1を削除、SVN2を新たにサーバー側で作成して、Site B -> SVN2 と接続しました。
その際、Site Aのリポジトリが見つからない、というエラーが表示され、いつまでもコミットできないという状況です。