ネストしたテンプレートでは、親テンプレートから引き継がれた子のテンプレートの編集可能領域の中で、「ここは子のテンプレートが自動更新する編集不可能な領域ですよ」と宣言する必要があるの ですが、この点を解説しているドキュメントが少ないかもしれません。
誤解されている箇所を理解して、改めて解説するのはなかなか難しいので、ひとまず以下の解説をご覧になってみて下さい。
Dreamweaver でネストされたテンプレートを作成する方法
テンプレートからファイルを作成する場合は、メニューを使って
ファイル > 新規 > サイトテンプレート > 適用させるテンプレートを選択
の手順を使うと混乱が少なくなるかもしれません。
テンプレートファイルや子供のファイルをファイルパネル上で直接複製したり、
「挿入」メニュー>テンプレート>ネストされたテンプレートを作成
は混乱の元ですので、慣れるまではこの手順で作成する事をお奨めします。
なお、Dreamweaverがテンプレート構造を正しく認識できていると、デザインビューやコードビューの表示が変化している筈ですので、テンプレート構造が壊れていないかどうかも確認して みてください。