私の環境ではそれほど不安定ではないですが、何かダウンする法則みたいのものはあるでしょうか。
再現手順が分かれば、原因の特定に繋がりそうな気もします。
検索バーの位置は、検索置換機能の修正によって下側に固定されるようになりました。
あいにくこの位置を移動させることは出来ません。
代わりというわけではないのですが、Command+Shift+F でフローティング化された従来の検索ダイアログが表示されますので、こちらを利用されては如何でしょう。ウィンドウの位置も自由に変更できますし、「慣れ」もあり、私はこちらの方をよく使い ます。