親のPHPテンプレートから子供を作成した場合、子供側に以下のような記述が先頭部分にある筈なんですが、もしない場合は追記してみて下さい。
<!-- InstanceBegin template="親のテンプレートまでのファイルパス" codeOutsideHTMLIsLocked="false" -->
codeOutsideHTMLIsLocked が trueになっている場合、親のテンプレートで<!doctype html> の前のコード部分を一斉に書き換える形になりますので、用途に合わせて変更すれば良いのではないかと思います。
ただ、もしPHPやテンプレートの構造が壊れてしまっていても同じような警告が出る可能性がありますので、その点も併せて確認してみて下さい。