うーん、私は 10.12.5のMac標準の日本語キーボードでATOKを使っているのですが、ご連絡のような症状は発生しません。皆さん10.11が共通しているようですが、10.11リリース当時、以 下のような変更がありましたが変更されていますでしょうか。
http://www.too.com/support/toocare/faq/mac/16026.html
また、10.11から標準の機能に入れられた「ライブ変換」をオフにしてみるというのも如何でしょう。
Google IMを使っている場合は、試しに標準に戻してみるというのも手だと思います。
「スニペットを使っていると発生する」につきましては、Tabのトリガーキーによる入力でしょうか。使い方も様々なので、もう少し再現手順になる情報があると助かります。