お話からだとタグの構造が壊れたのが原因ではないかと思うのですが、インターネット上に公開されているのであればそのURLをご連絡頂ければ具体的なアドバイスができるかもしれません。
ただ、フレームを使うサイトを現行のDreamweaverでGUI中心に編集するのはいささか不便かもしれません。サイトデザイン自体を移行した方が良い時期ではないかという気が正直致しま す。
お話からだとタグの構造が壊れたのが原因ではないかと思うのですが、インターネット上に公開されているのであればそのURLをご連絡頂ければ具体的なアドバイスができるかもしれません。
ただ、フレームを使うサイトを現行のDreamweaverでGUI中心に編集するのはいささか不便かもしれません。サイトデザイン自体を移行した方が良い時期ではないかという気が正直致しま す。