同じ現象になったことがあります。
バックアップを取る前だったので、本当に悲しい思いをしました・・・。
その後も何度かindex.htmlだけが消えることがあって、困り果てました。
いろいろ検索をして調べた結果、
ファイルの表示に「プレビューウインドウ」を使用していると消えるらしいという記事を見つけたのです。
この記事を見つけた時に、確かに自分はプレビューウインドウになっていることに気が付きました。
ファイルを開いたときに、右側に大きく表示されると、画像などがよく見えて便利なので使っていたのです。
その後は、プレビューウインドウにならないようにしていたら、index.htmlが消えることはなくなりました。
原因などは全くわかりませんので解決にはならないかと思いますが、参考になれば。