私が考えられる、勘違いしてしまった可能性としては2つ。
１．全く同じではなかった。
この場合は（過去に戻れないので）別のファイルで試して納得してもらうしかないのですが、
テンプレートからつくった1.htmlというファイルがあったとして、これをファイルコピーして1_copy.htmlを
作った場合この問題は出ないはずです。
新規で作り、全く同じにしたつもり、だがなにか必要な記載が無かった。
２．新規で作り必要なファイルを追加した直後に、テンプレート更新をした。
DW起動後やサイト選択後にはサイトのファイルを読み込んでいます。
ファイル数が少ないと一瞬です。
この読み込みをしないままだと反映されなかったと思っています。
サイトの設定にあるキャッシュを使用可能にするがチェックされていなかったり、
正規手順以外で自動更新されるファイルを作った場合には、テンプレート更新に含まれないのではないかと推測します。
検証して書き込むのが良いのですけど、すいません。