編集可能領域の中にあるリンクは、テンプレートを更新したとしても更新されないです。
テンプレートから作成されたファイルそのものを、ファイルパネル内で移動させたような場合は、
その移動先にあわせてDreamweaverがリンク先を書き換えることはします。
ただ、一度編集可能領域の中に入れてしまったとしても、それをまたテンプレートにして
ネストしたテンプレート構造にしてしまえば、テンプレートの利点を広げることができるかと
思います。テンプレートについては、以下のサイトの解説などもあわせて確認してみて下さい。