アドビ製品ならびにフォーラムのご利用ありがとうございます。
以下のサイトをご覧いただいたのですね。
同期の問題に関するトラブルシューティング（Dreamweaver CS4/CS5）
CS4/CS5とありますが、CS6でも有効な場合がございますので
文書内に記載のある対処方法を一度お試しください。
ご利用の環境や既に行った対処などが不明ですので、一般論となりますが
挙動がおかしくなった半年ほど前、サイト定義やFTPの接続方法を変更したなど
何か思い当たることはございますか？
FTP情報を含め、サイト定義を新しく作り直してみるのも一つの手かと思います。