バージョン：DreamWeaver CC
OS：Mac OS X 10.8.4
私も同じ症状で困っています。
とりあえず応急処置のような形でしたら
対応できましたのでお知らせいたします。
1.「サイトの管理」からサイトルートに変更したいサイトを選択し、左下のアイコンの「選択したサイトの書き出し」を選択。
2.「サイト名.ste」というファイルが出力されるので、適当な場所に保存してテキストエディタ等で開く。
3.「relativeTo="DOCUMENT"」というパラメータを検索し、「relativeTo="SITE"」に書き換えて保存する。
4.「サイトの管理」から元のサイト設定を削除し、左下の「サイトの読み込み」から3のファイルを選択。
以上、よろしくお願いいたします。